Seringkali terjadi setiap timbul tanda dan gejala alergi pada bayi dan anak langsung divonis alergi susu sapi. Padahal penggunaan susu sapi sudah terjadi dalam 1-6 bulan , tetapi sebelumnya tidak timbul gejala. Dugaan diagnosis Alergi Susu Sapi yang terlalu cepat dan terburu-buru tersebut ternyata belum tentu benar. Kesalahan tersebut sering timbul karena banyak faktor yang berperanan dalam timbulnya alergi dan sulitnya mendeteksi penyebab alergi. Sehingga sangatlah wajar setiap dokter sering berbeda pendapat dalam menangani seorang pasien yang sama. Banyak kasus telah divonis alergi susu sapi tetapi setelah dilakukan eliminasi provokasi pemberian susu sapi ternyata tidak terjadi alergi susu sapi. Justru penyebab paling sering yang menimbulkan tanda dan gejala alergi ternyata adalah infeksi virus yang selama ini dianggap normal. Kesalahan lain yang sering terjadi adalah saat vonis alergi susu sapi langsung diberi susu parsial hidrolisat seperti NAN HA, Enfa HA atau Nutrilon HA padahal susu tersebut bukan untuk penderita alergi susu sapi tetapi untuk pencegahan alergi atau untuk penderita resiko tinggi alergi.
Pemberian susu adalah merupakan masalah yang tersendiri pada penderita alergi susu sapi. Untuk menentukan penderita alergi susu sapi pilihan utama adalah susu ektensif hidrolisat. Tetapi beberapa penderita juga bisa toleran terhadap susu soya. Seringkali kesalahan terjadi bahwa setiap anak mengalami tanda dan gejala alergi diadviskan susu hidrolisat parsial alergi seperti NAN HA, Nutrilon HA atau EnfaHa. Padahal susu tersebut hanya untuk prevention atau pencegahan alergi bukan untuk penderita alergi susu sapi. Tetapi memang beberapa bayi dengan gejala alergi yang ringan dapat mengkonsumsi susu hodrolisat parsial. Meskipun sebenarnya susu ini untuk pencegahan alergi bukan untuk pengobatan. Memastikan alergi susu sapi tidak mudah karena dalam keadaan tertentu tes alergi seperti tes kulit atau tes darah tidak bisa memastikannya. Memastikan alergi susu sapi harus dengan Chalenge test atau eliminasi provokasi. Hal inilah yang membuat seringkali terjadi overdiagnosis atau perbedaan pendapat di antara para dokter dalam menentukan kondisi alergi susu sapi apada anak atau bayi. Secara klinis dan laboratoris seringkali sulit untuk memastikan anak menderita alergi susu sapi. Karena dalam keadaan tertentu tes alergi khusus tes kulit dan tes darah masih belum bisa memastikan adanya alergi susu sapi atau tidak .Tidak mudah untuk menentukan pemilihan susu yang terbaik untuk anak tersebut. Seringkali sulit memastikan apakah seseorang alergi susu sapi atau intoleransi atau bereaksi terhadap kandungan provokasi formula berturut turut yang lebih beresiko seperti soya, parsial hidrolisat, dan susu formula yang minimal kandungan AA, DHA, minyak kelapa sawit dan sebagainya. Formula yang paling tepat adalah yang tidak menimbulkan gangguan. Bila timbul gejala pada salah satu formula tersebut kita harus pilih formula satu tingkat lebih aman di atasnya. Bila susu parsial hidrolisa dan soya timbul gangguan dilakukan provokasi terhadap susu laktosa dan lemah rantai tunggal (Monochain Trigliceride/MCT).
British Nutrition Foundation, ESPGAN (European Society for Pediatric Gastroenterology and Nutrition), WHO (World Health Organization) dan FAO (Food Agriculture Organization) merekomendasikan penambahan DHA dan AA hanya perlu untuk susu formula bayi prematur. Secara teoritis dan bukti klinis penambahan tersebut hanya bermanfaat untuk bayi prematur, karena belum bisa mensintesa AA dan DHA secara baik. Penambahan AA dan DHA secara langsung tidak terlalu penting karena sebenarnya tubuh bayi cukup bulan sudah bisa mensitesa atau memproduksi sendiri AA dan DHA dari asam lemak esessial lain.
Beberapa alternatif pilihan untuk pengganti susu sapi sangat bervariasi tergantung kondisi setiap anak. Susu pengganti tersebut meliputi ASI, susu soya, susu kambingI, susu ektensif hidrolisa, susu parsial hidrolisat, sintesi asam amino dan sebagainya.
Pengaruh ketidakcocokan terhadap susu formula bisa disebabkan karena reaksi simpang makanan bisa karena reaksi alergi atau reaksi nonalergi. Alergi susu sapi adalah suatu kumpulan gejala yang mengenai banyak organ dan sIstem tubuh yang ditimbulkan oleh alergi terhadap susu sapi. Reaksi hipersensitif terhadap protein susu sapi dengan keterlibatan mekanisme sistem imun. Alergi terhadap susu formula yang mengandung protein susu sapi merupakan suatu keadaan dimana seseorang memiliki sistem reaksi kekebalan tubuh yang abnormal terhadap protein yang terdapat dalam susu sapi. Sistem kekebalan tubuh bayi akan melawan proteinyang terdapat dalam susu sapi sehingga gejala-gejala reaksi alergi pun akan muncul. Reaksi non alergi atau reaksi simpang makanan yang tidak melibatkan mekanisme sistem imun dikenal sebagai intoleransi. Intoleransi ini bisa terjadi ketidakcocokan terhadap laktosa, gluten atau jenis lemak tertentu.
Reaksi simpang makanan tersebut terjadi karena ketidakcocokan beberapa kandungan didalam susu formula. Bisa terjadi karena ketidakcocokan terhadap kandungan protein susu sapi (kasein), laktosa, gluten, zat warna, aroma rasa (vanila, coklat, strawberi, madu dll), komposisi lemak, kandungan DHA, minyak jagung, minyak kelapa sawit dan sebagainya.